El objetivo de este trabajo es practicar la escritura de una rutina, la cual debe incluir el ingreso de datos, la carga de paquetes (en caso de ser necesario), la modificación de variables (en caso de ser necesario), exploración gráfica de los datos, planteo de diferentes modelos, comprobación de supuestos y el modelo final elegido. Utilizaremos RStudio para construir la rutina, la cual guardaremos con la extensión .R.
Luego utilizaremos el mismo programa para construir un documento R Markdown, el cual combina la naturaleza de una rutina de R con la habilidad de generar un documento que presente los resultados del análisis (el manual de este curso está construido de esta forma). Para esto, en R Studio seleccione New file - R Markdown. En output format, elija HTML (para pdf es necesario instalar algunos programas extra en la computadora, pero puede explorar diferentes salidas). Se abrirá un documento auto-explicado, solo es necesario reemplazar su contenido por el contenido deseado. Al finalizar, haga click en el ícono de “Knit HTML”. La ayuda general de R Markdown puede encontrarse en aquí.. Para ambos ejercicios explore las posibilidades del formato: inserte títulos y subtítulos, imágenes, etc.
Markdown es un lenguaje ligero, entendible en forma directa, y editable con cualquier editor de textos, que permite su traducción a otros lenguajes para dar documentos que se utilizarán como páginas web, pdf. Su integración con R permite realizar reportes dinámicos, presentaciones, páginas web, etc. Los materiales de este curso están escritos íntegramente en RMarkdown y Github Flavored Markdown. Markdown fue creado por John Gruber y el activista Aaron Swartz.
Recientemente, RStudio (Posit) introdujo los documentos den Quarto con capacidades similares, pero independiente de R para la creación de archivos de salida, lo que lo vuelve más compatible con otros lenguajes (Pytho, Julia, Javascript, etc.).
En un experimento se intenta saber si la concentración de sólidos solubles presentes depende de la densidad de individuos de un poliqueto presente en el bentos y del tipo de alimento que estos reciben. Las variables incluidas en la base de datos son: concentration: concentración de sólidos solubles. biomass: densidad del poliqueto Hediste diversicolor (antes Nereis diversicolor). nutrient: tipo de nutriente (1= NH4-N, 2=PO3-P, 3= NO3-N).
Modelar el número de gorriones de las marismas (Ammospiza caudacuta) en función de varias variables que describen la cobertura de distintas especies de plantas. La variable respuesta es banded (número de gorriones), las variables de cobertura son Avgmaxht, Avgdens, ht.thatch, S.patens, Distichlis, S.alternifloraShort, S.alternifloraTall, Juncus, Bare, Other, Phragmites, Shrub, Tallsedge, Water.